氧生物處理運行過程中很重要的問題是安全問題。沼氣中的甲烷比空氣輕，非常易燃，空氣中甲烷含量爲5%～15%時，遇明火即發生爆炸。因此
消化池、貯氣罐、沼氣管道及其附屬設備等沼氣系統，都應絕對密封，無沼氣漏出。並且不能使空氣有進人沼氣系統的可能，周圍嚴禁明火和電氣火花。所有電氣設備應滿足防爆要求。沼氣中含有微量有毒的硫化氫，但低濃度的硫化氫就能被人們所察覺。硫化氫比空氣重，必須預防它在低凹處積聚。沼氣中的二氧化碳也比空氣重，同樣應防止在低凹處積聚，因爲它雖然無毒.卻能使人窒息。因此，凡因出料或檢修進入消化池之前，務必以新鮮空氣徹底置換池內的消化氣體，以策安全。
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