厌氧生物处理技术既有其优点又有其缺点。其优点主要有以下5点：
(1)厌氧生物处理可以产生生物能，
污泥消化和有机废水的厌氧发酵可以产生沼气，沼气可作为能源利用。
(2)节省动力消耗。厌氧生物处理过程中，细菌分解有机物是营无分子氧呼吸，故不必给系统提供氧气。
(3)厌氧消化对某些能降解的有机物有较好的降解能力。
(4)对N、P的需求量低，这是因为厌氧处理合成的细胞数很少，远低于好氧处理过程合成的细胞数。
(5)厌氧处理产生的污泥量少，这是因为厌氧降解时只有少部分有机物被同化为细胞，绝大多数被转化为甲烷和二氧化碳。
缺点也主要有5点，如下：
(1)运行管理复杂，产酸菌和产甲烷菌性质不同，要保持两大类群的平衡，要对运行进行严格管理。
(2)厌氧法启动周期长，因为厌氧生物世代周期长，增长速率低，污泥增长缓慢。
(3)采用厌氧消化不能去除废水中的N、P。
(4)卫生条件差，废水中一般含有硫酸盐，厌氧条件下会产生硫化氢气体，散发出臭气，’影响环境卫生。.
(5)厌氧处理对有机物的去除不彻底，一般单独对废水中的有机物进行厌氧处理不能达到排放标准，故厌氧处理必须和好氧处理相结合。
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