厭氧生物處理技術既有其優點又有其缺點。其優點主要有以下5點：
(1)厭氧生物處理可以產生生物能，
汙泥消化和有機廢水的厭氧發酵可以產生沼氣，沼氣可作爲能源利用。
(2)節省動力消耗。厭氧生物處理過程中，細菌分解有機物是營無分子氧呼吸，故不必給系統提供氧氣。
(3)厭氧消化對某些能降解的有機物有較好的降解能力。
(4)對N、P的需求量低，這是因爲厭氧處理合成的細胞數很少，遠低于好氧處理過程合成的細胞數。
(5)厭氧處理產生的汙泥量少，這是因爲厭氧降解時只有少部分有機物被同化爲細胞，絕大多數被轉化爲甲烷和二氧化碳。
缺點也主要有5點，如下：
(1)運行管理複雜，產酸菌和產甲烷菌性質不同，要保持兩大類群的平衡，要對運行進行嚴格管理。
(2)厭氧法啓動周期長，因爲厭氧生物世代周期長，增長速率低，汙泥增長緩慢。
(3)采用厭氧消化不能去除廢水中的N、P。
(4)衛生條件差，廢水中一般含有硫酸鹽，厭氧條件下會產生硫化氫氣體，散發出臭氣，’影響環境衛生。.
(5)厭氧處理對有機物的去除不徹底，一般單獨對廢水中的有機物進行厭氧處理不能達到排放標准，故厭氧處理必須和好氧處理相結合。
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