有機物汙染主要來源于食物、植物、糞便、動物屍體中的有機成分以及其它人工合成的有機物。有機汙染物大量消耗水中的溶解氧，危及魚類的生存。導致水中缺氧而使需氧微生物死亡。這類微生物能夠分解有機質，維持水體的自淨功能。它們死亡的後果是：水體發黑，變臭，毒素積累，傷害人畜。隨着工農業的迅猛發展，產生了大量含有複雜有機物組分的汙水，一些高穩定的有機合成化合物，如多氯聯苯、有機氯農藥等也汙染水質，造成很大的危害。這些物質也是經過食物鏈的富集，後進人人體，引起慢性中毒。如滴滴涕的慢性中毒能影響神經系統，破壞肝功能，造成生理障礙，甚至可能影響生殖和遺傳，產生怪胎和引起癌症等。因此在當前水體汙染問題中，以有機物汙染的矛盾很突出。
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