主要有三個指標。
(1)總大腸菌群指每升水樣中所含有的大腸菌群的數目，以個/L計。大腸菌群數表明汙水被糞便汙染的程度。間接表明有腸道病菌存在的可能性。
(2)病毒大腸菌群數可以表明腸道病菌的存在，但不能表明是否汙水中有病毒。因此，還需檢驗病毒指標。病毒一般用噬菌體來表示數量。
(3)菌落總數菌落是指細菌在固體培養基上生長繁殖而形成的能被肉眼識別的生長物，它是由數以萬計相同的細菌集合而成。當樣品被稀釋到一定程度，與培養基混合，在一定培養條件下，每個能夠生長繁殖的細菌細胞都可以在平板上形成一個可見的菌落。因此，菌落總數可代表樣品中的細菌數量。水中菌落總數反映了水體受細菌汙染的程度，菌落總數不能說明汙染的來源，必須結合大腸菌群數來判斷水體汙染的來源和安全程度。
汙水中微生物量因汙水性質不同變化較大，對于生活汙水，細菌數在105～106個/mL之間，呈遊離或團塊狀；病毒爲200～700個/L;此外還有一些寄生蟲卵。處理前後微生物數量的變化是評價水質淨化度的指標之一，部分生活汙水處理廠以及所有醫院汙水處理系統排放的出水還應予以消毒，以殺滅處理後殘存的病原微
生物。
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