生物濾池的大優點是構造簡單、操作容易，而且能經受有毒汙水或有機負荷的沖擊。這是因爲汙水在生物濾池內的停留時間較短，即使表面的微生物可能被殺死而被脫落去除，又可以露出一層未被傷害的生物體。如果有毒汙水或有機負荷的沖擊持續時間較長，或有毒物質被吸附在生物膜上，生物濾池的處理效果將會受到嚴重影響。
因爲微生物附着生長在濾料固定的表面上，無法隨着環境的變化而改變反應器內的生物量，因此也就沒有有效的方法控制出水的水質。因此，如果進水的濃度或流量增加，即進水的有機負荷或水力負荷增加，出水水質也將隨之惡化；進水溫度下降或環境溫度下降，基質的去除速率也將下降。
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