生活汙水及屠宰、生物制品、醫院、制革、洗毛等工業廢水中常含有這些能傳染各種疾病的致病微生物。消毒殺菌的方法有氯、二氧化氯、臭氧等氧化法、紫外線照射等，另外超濾處理也可以除去水中大部分的細菌。對致病病原體較爲集中和含量較大的汙水好進行單獨消毒處理，然後再和其他汙水一起進行二級生化處理，這樣可以減少消毒劑的消耗量。汙水處理後排放和回用前通常需要進行消毒處理，需'要監控的微生物指標是細菌總數和大腸菌群數。
1.細菌總數
細菌總數是指lmL水樣在營養瓊脂培養基中，經37T、24h培養後所生長的菌落數。計量單位是每mL水中所含有的總菌數，這是一種測定水中好氧和兼性厭氧的異養菌密度的方法。
(1)測定細菌總數的注意事項
每個水樣必須做兩個平行樣，另外每次檢驗還要做只傾注營養瓊脂培養基的空白對照。培養之後，應立即進行平皿菌落計數。如果計數必須暫緩進行，可將平皿存放于5~ [#]01的環境下，但不能超過24h，而且也不可以將這種做法當做常規的操作方式。
對平皿菌落計數時，可用肉眼觀察，爲防止遺漏，必要時應用放大鏡檢查。對那些看來相似、距離相近但並不相觸的菌落，只要其距離小于小菌落的直徑，就應當分別予以計數。對那些緊密接觸但外觀(形態或顔色)有差異的菌落也要分別予以計數。
在求同一稀釋度的平均菌落數時，如果其中一個平皿有較大片狀菌落生長時，則不宜采用，而應以無片狀菌落生長的平皿作爲該稀釋度的菌落數。如果片狀菌落不到平皿的一半、而其余部分菌落的分布又很均勻時，則可以將生長均勻的1/2平皿菌落計數後乘以2代表全皿菌落數。
細菌總數的測定結果是以每個平皿菌落總數或同一稀釋度平行實驗平皿的平均菌落數乘以稀釋倍數。當終結果在100以內時按實際菌落數記錄結果；大于100時，采用兩位有效數字，用 [#]0的指數來表示，如果菌落數無法計數，在報告結罘時要注明稀釋倍數。
(2)根據菌落計數結果計算水樣的細菌總數的方法
計算細菌總數的化驗結果時，需要根據不同稀釋度的平均菌落數進行比較和計算，其方法如下：
①首先選擇平均菌落數在30>300之間的情況進行計算，當只用一個稀釋度的平均菌落數符合此範圍時，即以該平均菌落數乘其稀釋倍數作爲檢驗水樣細菌總數的結果。
②如果有兩個稀釋度的平均菌落數在30~ [#]00之間，應當按二者的比值來決定計算方法。如果比值小于2,則以各自的平均菌落數乘以各自的稀釋倍數後的平均值作爲檢驗水樣細菌總數的結果；比值大于2，則以其中平均菌落數乘以其稀釋倍數後的較小者作爲檢驗水樣細菌總數的結果。
③如果所有稀釋度的平均菌落數均大于300,則應當按稀釋倍數大的平均菌落數乘以其稀釋倍數作爲檢驗水樣細菌總數的結果。
④如果所有稀釋度的平均菌落數均小于30，則應當按稀釋倍數小的平均菌落數乘以其稀釋倍數作爲檢驗水樣細菌總數的結果。
⑤如果所有稀釋度的平均菌落數均不在30~ [#]00之間，則應當以接近30或300的平均菌落數乘以其稀釋倍數作爲檢驗水樣細菌總數的結果。
2.大腸菌群數(值）
大腸菌群細菌是腸道好氧菌中普遍和數W:多的一類細菌，所以常將其作爲糞便汙染的指示菌。人體飲用或接觸大腸直群數超標的水，就可能引起腸道傳染疾病。大腸菌群細菌是指-類好氧或兼性厭氧、能發酵乳糖、革蘭氏染色陰性、無芽孢的護菌，因此有時也稱糞大腸菌群或大腸杆菌，大腸菌群細菌在乳糖培養基中經37尤、24h培養後，能產酸產氣。大腸菌群數(值）-般以1L或lOOmL水中含有的大腸菌群數量爲計量單位，常用測定方法有多管發酵法和濾膜法兩種。
多管發酵法是根據大腸菌群細菌能發酵乳糖、革蘭氏染色陰性、無芽孢、呈杆狀等有關特性，通過三個步驟進行檢驗，來確定水樣中的總大腸菌群數。多管發酵法以可能數MPN來表示實驗結果，是根據統計學理論估計水體中大腸杆菌密度和衛生質量的一種方法，這種估計有大于實際數字的傾向。對于大腸菌群數含量的估計值，決定于那些既顯示陽性又顯示陰性的稀釋度，在實際設計水樣檢驗所要求重複的數目時，要根據所要求數據的准確度而定。
濾膜法是用特制的滅菌微孔薄膜過濾水樣，細菌被截留在膜上後，將薄膜貼在品紅亞硫酸鈉培養基上進行培養。因爲大腸菌群細菌可發酵乳糖，在濾膜上培養培養後會出現紫紅色具有金屬光澤的菌落，計數濾膜上出現的具有此特征的菌落數，即可計算出每L水樣中含有的大腸菌群數。濾膜法可測定的水樣體積較大，能比多管發酵法更快地獲得結果，但測定濁度高、非大腸杆菌類細菌密度大時，效果較差。
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