温度是影响微生物正常生长繁殖的重要因素之一。好氧微生物适宜的温度范围为q#0～35°C，当水温低于10°C时候，微生物处理污水的效果将明显下降。所以在温度较高的春、夏季节，好氧生物处理效果好；而秋、冬季节温度比较低的情况下，微生物的净化效果会受到较大的影响。在好氧微生物的生存温度（5～50°C)范围内，温度每升高10°C，微生物体内的酶反应速度将提高1～2倍。但温度接近好氧微生物的高生存温度（45～50°C)时，微生物新陈代谢加快，生物膜的老化程度加快，生物膜的脱落'也会加速，造成出水的SS增加、BOD升高，反而会影响生物膜的处理效果。因此在实际的运行过程中，应保证温度适宜。
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